La Subdirección General de Asuntos Económicos y Financieros de la UE ostenta la representación de España en el Consejo de Administración del Banco Europeo de Inversiones. España participa conjuntamente con Portugal, con quien comparte miembro alterno en el Consejo de Administración, en los distintos subcomités del Consejo. En el Consejo de Administración del BEI se aprueban proyectos de financiación del BEI y las políticas del grupo en ámbitos tan diversos como riesgos, gobernanza, financiero, ética, cumplimiento, o políticas horizontales de financiación. Por otra parte, el BEI ostenta aproximadamente el 60% del capital del Fondo Europeo de Inversiones (FEI). La representación del BEI en el Consejo de Administración del FEI se realiza de forma rotatoria entre los miembros del Consejo de Administración del BEI.
Asimismo, la Subdirección participa activamente en todos los Fondos Fiduciarios y Comités gestionados por el BEI con aportación o interés español.