La negociació en el mercat secundari es pot realitzar a través de quatre sistemes (els tres primers es refereixen exclusivament als membres del mercat):
1. A través dels intermediaris o brokers cecs (mercat "cec"), també anomenat "primer esglaó" , al qual només hi poden accedir els membres del mercat negociants de Deute públic. La negociació té lloc electrònicament, sense conèixer la contrapartida (d'aquí el nom de mercat "cec"). Constitueix el nucli del mercat de Deute públic, ja que els agents participants en aquest segment es comprometen a cotitzar preus de compra i venda amb diferencials reduïts (al voltant de 5 centèsimes en preu per a emissions activament negociades), garantint la liquiditat per al conjunt del mercat. La mida mínima de les operacions és de 5 milions d'euros. En el mercat cec només es pot operar a venciment, sigui al comptat o a termini. No es permeten les operacions dobles. La liquidació de pèrdues i guanys es realitza diàriament a preus de mercat del dia, i al venciment de l'operació s'efectuen els ajustaments pertinents.
2. El sistema de negociació bilateral, directa o a través de broker, també anomenat "segon esglaó", a través del qual es desenvolupa la resta de la negociació entre Titulars de Compte. El suport d'aquest mercat és el Servei de Liquidació del Banco de España (SLBE). En aquest segment es pot operar a venciment (al comptat o a termini) i en operacions dobles (simultànies o repos). Les operacions es poden realitzar entre les entitats directament o bé a través d'un intermediari. En aquest cas, l'intermediari casa l'operació, informa a les parts de la -que és coneguda en este sistema- i les parts comuniquen al SLBE els termes de l'operació per a la seva posterior compensació i liquidació.
3. Mercat electrònic borsari de Deute Públic, sistema de contractació multilateral, on la negociació es produeix de manera contínua i electrònica amb difusió en temps real de tota l’activitat que s’hi duu a terme. La quantitat mínima de les operacions és de 1.000 euros, és un mercat cec con s’efectuen operacions al comptat i a venciment.
4. El quart i últim sistema de negociació compren les transaccions entre les Entitats Gestores i els seus clients.